So wie es aussieht, hast du ein englisches/amerikanisches Civ3-Vanilla. Das heißt, dass dort bspw. ein Verzeichnis "Settler" existiert aber keines, das "Siedler" heißt. Außerdem scheint dein C3C deutsch zu sein. Ist ein wenig aus der Hüfte geschossen. Eventuell waren die Ausgangsversionen auch in Ordnung und es sind dann "falsche" Patches draufgekommen.
Mein Tool legt eigentlich die fehlenden Verzeichnisse an, so dass deutsche und englische Szenarien gespielt werden können und alles in Butter wäre. Wenn du allerdings unter Vista keine Rechte hast, im Civ3-Ordner neue Verzeichnisse anzulegen, fährt mein Tool natürlich gegen die Wand. Helfen würde wahrscheinlich hier ein Anmelden mit Administrator-Rechten und erneutes Ausführen des Tools. Ich bin aber ehrlich gesagt kein Vista-Freak.
Dass die Effekte bei dem einem Szenario auftauchen, bei anderen nicht oder bei unterschiedlichen Einheiten, dürfte daran liegen, dass eben nicht immer alle Einheiten genutzt werden.